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cronでチェックしていた portsのアップがあったので
アップグレードした
チェックコマンド
　portversion -v | grep "<"

チェック結果
pkgconfig-0.20 < needs updating (port has 0.20_2) (=>　'devel/pkg-config')

アップグレードコマンドライン
sudo portupgrade pkgconfig

正常に更新されて、すべて up-to-date with port になった

コマンドの流れ
# cvsup -g /etc/ports-supfile
# portsdb -Uu
# portversion -v

参考ページ
portupgrade