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clamav-0.93.1 < needs updating (port has 0.93.1_2)
dhcp6-20070507 < needs updating (port has 20080615)
ruby-1.8.6.111_2,1 < needs updating (port has 1.8.6.111_3,1)
tnef-1.4.3 < needs updating (port has 1.4.4)

2008.02.05 に　公開されていた 日本語リリースにて　アップグレードした
Nucleus CMS v3.31 SP1 日本語版

ステップ１　バックアップの作成
以前にバックアップはあるので省略

ステップ２　ファイルの更新
FTPでファイル名を変更しないでアップロード

ステップ３　アップグレードスクリプトの実行
下記 URL にアクセスしてアップグレードスクリプトを実行します。
http://www.yoursite.com/nucleus/upgrades/index.php
データベースのアップグレードのリンクが出たので更新した
他の手動での更新は必要はないとラッキーな日だといわれた

ステップ４　upgrades ディレクトリの削除
FTPでupgrades ディレクトリの削除した

サイトにアクセスして、最下部のバージョンが更新されているのを確認した