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cvsupで取得していたソースがstableで，さらにfreebsdupdateでも取得していたため，ソースの不整合があったらしい
cvsupの取得ブランチを修正して、全ソースを取得しなおしたら成功した

autoconf < needs updating (port has 2.62) (=> 'devel/autoconf262')
php5 < needs updating (port has 5.2.6_1)
php5-mbstring < needs updating (port has 5.2.6_1)
php5-pcre < needs updating (port has 5.2.6_1)
php5-session < needs updating (port has 5.2.6_1)
php5-xml < needs updating (port has 5.2.6_1)

autoconfのディレクトリが変わってうまくupgradeしてくれない
portupgrade の オプションで -o を指定したらよいらしい
主なオプションは 参考ページをみた