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libiconv のアップデートがあったが，FreeBSD users-ml にて，EUC-MSパッチがあたらないようになったとの情報でまっていたが
1.11のパッチが取り込まれたので，upgradeした
%/usr/local/bin/iconv -l | grep -i EUCJP-MS
EUC-JP-MS EUCJP-MS EUCJP-WIN EUCJPMS

arj-3.10.22 < needs updating (port has 3.10.22_1)
libtool-1.5.22_4 < needs updating (port has 1.5.24)
m4-1.4.9 < needs updating (port has 1.4.9,1)
php5-5.2.4 < needs updating (port has 5.2.4_1)
php5-mbstring-5.2.4 < needs updating (port has 5.2.4_1)
php5-pcre-5.2.4 < needs updating (port has 5.2.4_1)
php5-pgsql-5.2.4 < needs updating (port has 5.2.4_1)
php5-session-5.2.4 < needs updating (port has 5.2.4_1)
php5-xml-5.2.4 < needs updating (port has 5.2.4_1)

失敗した
apache-2.2.6_1 < needs updating (port has 2.2.6_2)

autoconf-2.59_3 < needs updating (port has 2.61_2) (=> 'devel/autoconf261')

autoconf-2.59が削除され、portupgrade で失敗していたのだが
pkg_deleteで削除したところ、パッケージDBからきえてくれあたようだ
%sudo pkg_delete autoconf-2.59_3

FreeBSD Daily Topics：2007年10月4日　autoconf 2.61へアップグレード，